Découvrez les 11 contaminations en culture de champignons les plus fréquentes, comment les reconnaître et surtout comment les éviter dans votre labo maison. 🧫🍄
Les contaminations en culture de champignons font partie du quotidien de tout cultivateur, du débutant au plus avancé. Apprendre à reconnaître rapidement ces intrus et à comprendre leur origine est l’un des meilleurs moyens de progresser et de sécuriser vos récoltes. Dans cet article, nous passons en revue les 11 contaminations en culture de champignons les plus fréquentes, leurs signes typiques et les bonnes pratiques pour les garder sous contrôle.
En maîtrisant les contaminations en culture de champignons, vous limitez les pertes, gagnez du temps et améliorez la qualité de vos cultures, que ce soit sur gélose, en culture liquide ou en substrat de fructification. 🌡️💧💨
1. Trichoderma (moisissure verte)

C’est la star des contaminations en culture de champignons… mais pas dans le bon sens. Trichoderma se présente souvent comme une moisissure blanche très fine puis rapidement verte vif.
Signes :
- taches vertes poudreuses,
- odeur de moisi,
- mycélium de votre champignon étouffé.
Prévention : hygiène stricte, filtration correcte (SAB ou hotte), temps de stérilisation adapté, refroidissement des substrats sans courant d’air contaminé.
2. Moisissure noire (Aspergillus, Cladosporium…)

Ces contaminations en culture de champignons apparaissent sous forme de points ou plaques noires ou très foncées, parfois légèrement vert sombre.
Risque : certaines espèces produisent des mycotoxines, il ne faut pas les respirer ni essayer de “sauver” le substrat.
Prévention :
- limiter les poussières,
- porter masque et gants,
- éliminer les sacs ou bocaux contaminés loin de la zone de culture.
3. Moisissure bleue ou turquoise

Parfois confondue avec Trichoderma, cette contamination en culture de champignons se voit surtout sur les substrats à base de céréales et de pain.
Signes :
- taches bleues/vertes irrégulières,
- odeur de pain rassis ou moisi.
Souvent liée à une stérilisation insuffisante ou à des sacs percés.
4. Bactéries “mucilagineuses”

Les contaminations bactériennes en culture de champignons se repèrent par des zones gluantes, luisantes, parfois jaunâtres ou grisâtres.
Sur gélose : colonies opaques, visqueuses, parfois avec une odeur aigre.
Sur grains : grains collants, odeur acide ou de poubelle.
Prévention :
- bien rincer les grains,
- ne pas dépasser les temps de trempage,
- stérilisation suffisante (autoclave / cocotte-minute).
5. Levures et champignons “roses” ou orangés

Certaines contaminations en culture de champignons prennent une couleur rose, saumon ou orange (levures, Serratia, etc.).
Signes :
- taches colorées sur gélose ou en culture liquide,
- odeur parfois sucrée ou étrange.
À éliminer immédiatement : ce type de contamination montre souvent une faille dans votre protocole d’asepsie.
6. Moisissure grise (Botrytis et autres)

Elle ressemble parfois à un duvet gris, très fin, qui envahit rapidement la surface du substrat.
Contextes typiques :
- humidité trop élevée sans renouvellement d’air,
- vieux substrats ou résidus organiques non nettoyés.
Prévenir ces contaminations en culture de champignons passe par une bonne gestion de la ventilation (FAE) et un nettoyage régulier de la tente ou du “Martha”.
7. “Cobweb mold” (moisissure toile d’araignée)

Aspect :
- mycélium extrêmement fin, gris clair, comme une brume ou une toile d’araignée,
- expansion très rapide, souvent en 24–48 h.
Beaucoup de cultivateurs confondent au début ce champignon avec le mycélium du champignon cultivé. En réalité, il manque la structure dense et blanche typique d’un mycélium sain.
Clé : si vous avez un doute, observez la vitesse de croissance et l’odeur. Une contamination en culture de champignons à cobweb va très vite et donne un aspect “poussiéreux”.
8. Contamination par moucherons et larves

Les insectes sont une source sous-estimée de contaminations en culture de champignons :
- moucherons, sciarides,
- larves qui mangent le mycélium et les fructifications.
Signes : petits trous dans les champignons, insectes qui volent dans la tente, larves visibles dans le substrat.
Prévenir : moustiquaires fines, nettoyage rigoureux, éviter eaux stagnantes, contrôler les plantes vertes proches (souvent réservoirs de sciarides).
9. Mycélium concurrent (autre espèce de champignon)
Il arrive que la contamination en culture de champignons soit… un autre champignon.
Exemples :
- champignons de compost,
- moisissures lignicoles opportunistes.
Signes : un mycélium qui ne réagit pas comme le vôtre (couleur, texture, vitesse), parfois des fructifications inattendues.
Souvent lié à des substrats mal stérilisés ou à des inoculums douteux.
10. Contaminations en culture liquide (nuages, “flakes” suspects)

En culture liquide, les contaminations en culture de champignons se remarquent par :
- un voile trouble dans le liquide,
- des amas qui ne ressemblent pas à un mycélium filamenteux,
- sédiments étranges ou odeur aigre.
Un mycélium sain forme des “nuages” blancs filamenteux, parfois en petites boules, mais le liquide reste globalement clair. Toute odeur acide, sucrée ou fermentaire doit vous alerter.
11. Contaminations en gélose : colonies aux couleurs variées

Sur gélose, les contaminations en culture de champignons sont plus faciles à voir : colonies rondes, brillantes, colorées (jaune, vert, rose, crème).
Objectif : apprendre à cloner seulement les zones de mycélium parfaitement blanches et rhizomorphes, loin de ces intrus.
Travaillez avec :
- flamme (bunsen ou briquet tempête),
- scalpel stérilisé,
- boîte à gants ou SAB.
Comment limiter les contaminations en culture de champignons (les piliers)
Pour réduire drastiquement les contaminations en culture de champignons :
- Hygiène stricte : lavage de mains, gants, masque, surfaces désinfectées.
- Flux de travail logique : du plus propre (gélose) vers le plus “sale” (substrat de fructification).
- Stérilisation/pasteurisation maîtrisée : temps, température, refroidissement contrôlé.
- Matériel de qualité : bocaux, filtres, sacs, grain, eau propre.
- Contrôle de l’air : éviter courants d’air, poussières, fumée, animaux domestiques dans la zone de travail.
Pour aller plus loin sur l’hygiène et les bonnes pratiques, vous pouvez consulter les recommandations sur les contaminants fongiques et bactériens publiées par l’ANSES ou l’INRAE, très utiles pour comprendre les risques et les comportements des micro-organismes , et cette etude faites ici
Et pour optimiser vos substrats, vos outils et vos recettes maison, vous trouverez des ressources pratiques et des produits adaptés (géloses, cultures liquides, substrats prêts à l’emploi…) directement sur TerraFungi :
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